El Museo fue fundado el 6 de Junio de 1940 como un museo privado para exponer la riqueza arqueológica del valle de Comayagua y para la década de 1970 pasa a ser parte de los museos estatales rectorados por el Instituto Hondureño de Antropología e Historia. Actualmente el museo cuenta con 10 salas de exposiciones que reflejan el pasado y presente del Valle de Comayagua en Honduras. El hilo conductor de la visita se teje alrededor de la complicada trayectoria y relación entre el medio ambiente del Valle de Comayagua, sus patrones de asentamientos desde la antigüedad hasta la actualidad, y las diversas configuraciones sociopolíticas de la región. Muestra piezas de paleontología, arqueología, objetos coloniales, republicanos y una muestra del patrimonio inmaterial del valle.